スギの花粉は、それ自体が体に害をあたえるものではありません。それでも、鼻の粘膜から入った花粉の成分を B 細胞が見分けて、抗体をつくることがあります。
この抗体は、粘膜の下にある肥満細胞の表面にくっついて残ります。くしゃみや鼻水が出るのは、次に同じ花粉が入ったときからです。
花粉のように、アレルギーのもとになる物質をアレルゲンといいます。卵や牛乳、ダニのふん、ハチの毒なども、人によってはアレルゲンになります。
次に同じ花粉が入ると、その成分が、肥満細胞の表面の抗体にくっつきます。すると肥満細胞は、中の粒にためていたヒスタミンなどの物質を外へ出します。
ヒスタミンは、血管を広げたり、粘液を多く出させたり、鼻の神経を刺激したりします。こうして、鼻水やくしゃみ、鼻づまりが起こります。
体に害のないものに対して、免疫がはたらきすぎることをアレルギーといいます。全身で急に強い反応が起こり、血圧が下がって命にかかわるものを、アナフィラキシーショックといいます。
免疫は、ふつうは自分の体の細胞をこわしません。ところが、自分の細胞を病原体のように見分けて、こわしてしまうことがあります。これを自己免疫疾患といいます。
1 型糖尿病では、すい臓のランゲルハンス島で、インスリンをつくる B 細胞（リンパ球の B 細胞とは別の細胞）がキラー T 細胞などにこわされ、血糖値が下がらなくなります。
関節の組織がこわされて、はれや痛みが続く関節リウマチも、自己免疫疾患の 1 つです。
白いマウスの背中に、別の系統の黒いマウスの皮膚を移すと、移した皮膚は 10 日ほどで落ちます。このように、移したものを免疫がこわすことを、拒絶反応といいます。
1 回目と同じ系統の黒いマウスの皮膚をもう一度移すと、記憶細胞がはたらくので、6 日ほどで落ちます。同じ系統の白いマウスどうしなら、移した皮膚は落ちません。
ヒトの臓器移植でも拒絶反応が起こるので、移植を受けた人は、免疫のはたらきをおさえる薬（免疫抑制剤）を飲みつづけます。
HIV（ヒト免疫不全ウイルス）は、ヘルパー T 細胞に入りこんでふえ、その細胞をこわします。感染してから何年もかけて、ヘルパー T 細胞は少しずつ減っていきます。
ヘルパー T 細胞が減ると、B 細胞もキラー T 細胞も助けを受けられず、獲得免疫がはたらかなくなります。この状態をエイズ（後天性免疫不全症候群）といいます。
エイズになると、ふだんは病気を起こさない弱い病原体でもふえて、病気になります。これを日和見感染といいます。